三年前，在耕地上建了一套房子。从开始建一直到建成后住了两年，都没有收到国土资源管理部门的通知，直到最近才听说，在耕地上建房是违法行为。
因此，有些疑问：
1. 如果在耕地上建房属于违法，那么在建房时和建房后为什么没有人通知或警告？难道国土资源部门明知有人违法建房还不闻不问，等到别人建成之后再去处罚？为什么事先不予以制止？
2. 房子已经住了三年多，按照规定，应该罚款还是拆除？
3. 关于违规建房的问题，是由村委会负责，还是乡镇或区县相关部门负责？
4. 如果罚款，应缴纳多少？上交给哪个部门？上缴罚款后，该住房能否属于合法住房？