我单位以转让方式取得了一宗土地使用权，在办理过户手续过程中发现测绘的土地面积小于之前土地使用权证上所载的土地面积，且在边界上与邻近的村集体有集体土地使用权争议。请问此问题应由哪个部门处理?我们应当如何维护我们的权益?