在“十三五”土地整治规划中，农村建设用地整治可以按照“厘清层次、划分类型、推创模式”的主体框架，依据以人为本、依法推进、因地制宜、按部就班的原则，继续深入开展农村建设用地整治。其中，厘清层次是指农村建设用地整治应该按照农村土地利用、富丽乡村建设、城乡一体化发展的逻辑依次递进，突破“就地论地”的单一模式，提升农村建设用地整治的理念。划分类型是指在每一个层次内，按照农村建设用地的结构和功能特征，划分出不同的类型，并针对不同类型的特征制定相应的整治策略。
在农村土地利用层次，将农村建设用地划分为宅基地、经营性建设用地和农村闲置用地三类。其中，宅基地整治是重点，主要研究“一户多宅”宅基地的退出机制和闲置宅基地的流转机制，把涉及宅基地改革的若干农村土地管理制度作为基本依据，与土地利用总体规划相结合，按照城乡建设用地扩展边界外的传统农区和扩展边界内的不同情况，以不同的整治方式贯彻“一户一宅”原则。同时，通过农村经营性建设用地加快流转和逐步上市，推进乡村产业和经济发展，村庄内退出的宅基地可自用经营或集体内调整为经营性建设用地，实现宅基地财产性收益。村庄内部的闲置和低效用地，根据实际情况宜耕则耕、宜建则建、宜业则业，通过空心地带填充、基础设施建设、村庄环境美化等多种方式，全面提高农村建设用地利用效率。
在富丽乡村建设层次，以发挥和提升乡村聚落多功能性为导向，将乡村聚落划分为特色型、一般型和落后型三类。特色型即传统文化村落，具有特色的乡村景观，生产、生活和生态功能齐全稳定，按照《中国传统文化村落名录》加强保护，鼓励和支持优先发展。一般型即分布在城市郊区和广大农区的村庄，以传统农业发展为主，按照有利生产、方便生活的原则，加强农村生产、生活设施建设，按照规划推进农村社区建设。落后型即分布在生态灾害易发区和山区的村庄，居住条件差、生产功能弱、生态环境劣，须加强危旧房改造，在尊重农民意愿的前提下，创造条件推动农村居民点的整体外迁和适度归并。
在城乡一体化发展层次，主要以城乡建设用地增减挂钩试点为手段，突破县域限制，按照省份差异划分出优先挂钩、重点挂钩和适度挂钩等类型，合理安排不同类型区的挂钩规模、布局和时序，将政府和市场有机结合。创新节余指标的城乡转移与利用方式，构建多元资金输送渠道，突出农户的利益主体地位。创新政府安排项目、农户申请与实施项目的运作形式，以城乡土地流动为切入点，推进城乡经济、社会和生态环境一体化发展，助力新型城镇化建设。
推创模式就是推广现有的农村建设用地整治经验，分析其适用条件和限制因素，通过对其继承和改进，从人地系统耦合的角度，构建更多地域适用的新模式。这些模式要具有功能主导性、地域差异性、问题制约性和农户主动性的特征，并包含农村建设用地整治的组织形式、投资方式、收益分配、工程措施等诸多要素，同时融汇在划分的农村建设用地整治类型之中。即，不同省份或地区针对农村建设用地整治的层次重点和类型特征，在法律规定范围内，积极培育和发展具有地方特色的农村宅基地利用与管理模式、农村居民点集约与集中模式以及城乡建设用地增减挂钩试点模式，并通过技术导则和规范等形式进行推广应用，实现农村建设用地整治任务“落人”、项目“落图”和工程“落地”。
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