2015年1月，王庄村民李某占用本村耕地挖砂。经查，李某挖砂破坏的耕地地类为一般耕地，面积2400平方米，属一般违法行为，国土资源管理部门遂对其作出行政处罚。随后,李某将所破坏的2400平方米耕地垫土复耕,土层厚度达50厘米,王庄村委会出具李某所破坏的耕地已恢复种植条件的证明。在结案审核时,有人认为村委会没有认定耕地种植条件的资质,其出具的证明不能作为认定李某已把破坏的耕地恢复种植条件的依据。请问恢复土地耕种条件应由什么部门进行认定，又该如何认定呢？