你好!我是一名基层国土工作人员，遇到了一个关于新农村建设的行政复议案件。旧村改造后，国土部门直接收回原来的集体土地使用证，没有注销就为新建的宅基地登记发证，从而引发了纠纷。请问，农村新居建好后，原来的土地使用权应该由村集体收回，这个收回是由村集体申请县政府注销原来的用地手续，还是由国土部门直接发布一个注销公告?土地收回后，新建的楼房该如何登记?