土地股份合作探索需要和深化农村改革的总体设计结合起来，土地入股必须尊重农民意愿，还要警惕“非农化”倾向。
在深化农村土地制度改革中，农民土地入股成立合作社，是土地流转的重要形式之一，不仅有助于促进农业适度规模经营，而且有助于现代农业建设，实现创新发展，也可以让农民分享到更多利益，实现共享发展，探索出集体所有制经济的有效实现形式，理应得到鼓励。值得提醒的是，各地在试点过程中，需要将国家有关深化农村改革总体设计与土地股份合作积极探索结合起来。
农村土地制度改革的红线不能逾越。我国农村深化改革实行农村土地所有权、承包权和经营权分置的制度。农民的承包地入股到合作社，仅仅是经营权入股，不能改变土地集体所有权性质和农户承包权稳定的根本要求，这意味着农民是否将土地入股合作社，必须尊重农民意愿，只有这样，家庭承包经营和农村集体经济等基本制度才能守住，农民土地权益才能得到保障。
此外，农民土地股份合作社利用土地时还必须遵守用途管制等法律。
值得注意的是，我国农村土地制度深化改革思路和综合性实施方案已经明确。各地在试点农民土地股份合作社时必须使其行为符合中央的部署，不能拖延改革进程，更不能另起炉灶。同时还要警惕“非粮化”“非农化”倾向。
可能有人会问，农民土地入股成立合作社到底有何好处？显然，土地股份合作社，既有土地要素市场化配置提高效率的潜在优势，又有产业融合实现价值增值的优化，如果将机制创新和科学发展结合起来，必然会吸引更多农民选择土地股份合作制。
