我家的山地在1990年因为公路扩建被征收了，公路建成后，还有一部分留下，那一部分一直都由我们自己使用，后在2002年与他人发生纠纷，镇政府就将该土地栽决给了我们，镇政府的处理书上有注明我们有使用权。但现在对方又要和我们争，并在给山地中建房，请问我们以土地侵权案件起诉，法院是否受理拥有使用权的常耕土地现在被他人侵占建房，是由土地行政部门处理还是法院处理，如果由法院处理是否需要在土地行政部门办理材料，谢谢